Ora bem:
O processo é tratado pelas entidades com responsabilidade no sector hídrico, Administração da região hidrográfica (ARH) e dependem da zona do pais onde fica a captação. Por exemplo, a ARH Tejo tem este território todo:

Existem em todo o país, se não estou em erro, 5.
ARH Tejo
ARH Algarve
ARH Norte
ARH Centro
ARH Alentejo
Se fizerem uma pesquisa no site das ARH facilmente encontram os formulários que devem preencher. Se os dados que pedem sobre as captações são lógicos ou não, isso é outra história. Mas é sempre uma boa base de trabalho.
Não custa nada e acreditam que é fundamental estas pequenas coisas.