Vou aqui fazer um resumo do problema e daquilo que foi feito e falta fazer no cento.

"Sintomas": Sobreaquecimento (marcava cerca de 110 graus até ao disparo da ventoinha, e por vezes ainda aumentava), aparecimento de água no óleo (criava uma mistela tipo leite com chocolate), aparecimento de lixo no liquido refrigerante e mau funcionamento da ventoinha (quando o circuito não tinha pressão funcionava bem, mas quando ganhava pressão arrancava quase sempre aos 110 graus).
Diagnóstico: Junta da Cabeça de motor queimada.
Material necessário: Kit de juntas de descarbonização, termoestato novo, óleo novo, filtro de óleo e anticongelante novo. (eu pus também um filtro de ar novo, mas só porque o antigo já estava bastante sujo.
O que foi feito:
-Drenagem do liquido refrigerante, retirando um tubo do radiador.
-Retirar o óleo (que neste caso estava estragado por conter água).
-Desmontagem do sistema de injecção, da tampa de válvulas, remoção do veio de martelos, das hastes de válvulas (guardadas na ordem que foram retiradas), desaparafusar a cabeça de motor e retira-la.
-Desmontadas as válvulas de admissão e escape e rectificação da cabeça.
-Montagem das válvulas nos respectivos lugares e na ordem que foram retiradas.
-Ligeira passagem na superficie do bloco com lixa muito fina, apenas para retirar residuos da junta antiga.
-Colocação da junta nova e posicionamento da cabeça para ser apertada.
-Aperto da cabeça seguindo a ordem e taragem de apertos de origem.
-Colocação das hastes de válvulas na ordem em que foram retiradas da cabeça.
-Colocação do veio de martelos (troquei o de origem pelo de

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-"Aliviar" todos os parafusos de afinação para o veio encaixar no local sem forçar. Depois disto, fixem o veio de martelos com as 4 porcas respectivas.
-Afinar as válvulas através do parafuso de afinação e da porca de contra-aperto. (Usei 0.20 de folga tanto na admissão como em escape)
-Lubrificação manual das válvulas, usando uma ampolia.
-Colocação da tampa de válvulas e a respectiva junta nova.
-Colocação do termostato (convém ser um novo, mas eu usei o mesmo, já que está totalmente aberto e vai ser substituído brevemente)
-Colocação de um o-ring novo na tampa de óleo.
-Instalação do sistema de injecção da maneira como estava anteriormente. (Aqui foi preciso ter cuidado para não trocar os tubos de água com os de combustível).
-Aqui falta um passo que saltei, e está por fazer ainda.*
-Enchimento do sistema de refrigeração com anti-congelante.
-Aqui falta um passo que saltei, e está por fazer ainda.*
-Colocação do óleo novo e respectivo filtro.
-Ligar a bateria
-Dar á chave.

*:Saltei estes passos por desconhecimento na altura em que estava a fazer o trabalho.
O que falta fazer:
-Limpar o circuito de refrigeração (implica retirar o radiador e as respectivas tubagens). Por água a correr com alguma pressão dentro do radiador, isso fará com que os resíduos sejam expulsos. Fazer o mesmo com os tubos.
-Retirar o cárter e limpar os restos de óleo existentes. Colocar uma junta nova ou reutilizar a existente, e usar cola de juntas para isolar a junta do cárter.
Problemas ainda a resolver:
-Ventoinha por vezes não dispara quando é necessário, e quando dispara normalmente, nunca funciona por tempo suficiente para baixar a temperatura para um nível normal. (Provavelmente estará relacionado com a sujidade no sistema de refrigeração, que provoca uma má leitura do sensor da ventoinha, fazendo-o funcionar deficientemente).