Creio que a melhor forma de confirmar se podera ser do vidro é desmontar a forra do pilar e ver se existe algum indicio. Outra forma para confirmar a vedação seria começar por, na parte de baixo do vidro molhar abundantemente e verificar se aparece agua, caso não apareça fazer o mesmo de um dos lados e verificar se nao aparecer fazer o mesmo do outro lado, e no final em cima. Se fizer isto e se a agua entrar pelo vidro em alguma das fases a agua ira aparecer... Aparecendo e so confirmar numa outra altura afim de descartar a hipotese de ser num dos lados anteriores e agua apenas demorou a aparecer.
Eu faria assim embora a unica vez que me entrou agua pelo vidro da frente num carro era a chapa que ja estava podre.

O resto tem sido sempre ou borrachas das portas ou pelos vidros das portas que depois dentro da porta encontra caminho para o interior do carro...